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滅菌方式分批滅菌：適于規模小的工廠和種子罐。是指培養基在發酵罐中用蒸氣加熱，達到預定溫度且維持一定時間后，從夾套或蛇管通冷卻水，迅速將培養基冷卻，并通入無菌空氣保壓，至接近發酵溫度，然后接種。這種方法不需其它設備，操作簡易，其缺點是加熱和冷卻所需時間較長；相對地說是延長發酵周期，使發酵罐的利用率降低。所以，大型發酵罐采用這種方法，不甚合理，尤其發酵罐本身的 夾套或蛇管傳熱面積有限，做不到高溫度短時間的原則。連續滅菌：適于大規模工廠，將培養基在發酵罐外連續不斷進行加熱，維持和冷卻，最后進入發酵罐。它有很多優點如：
①可以采用高溫短時間滅菌，物料、受熱時間短，減少營養成分的破壞，有利于提高生產效率。
②總的滅菌時間較分批滅菌大為減少，縮短發酵罐的生產周期。
③蒸氣負荷均衡，提高鍋爐效率。
④適應自動控制。
連續滅菌的缺點是容易產生泡沫，粘度大或顆粒物料的培養基會造成局部滅菌不充分與管道堵塞現象。影響培養基滅菌的幾個因素①培養基中污染菌的數量與滅菌時間的關系。
②培養基pH的影響：在pH 6.0～8.0時，微生物最耐熱，不易死亡，pH<6.0時，氫離子易滲入微生物細胞內，改變細胞的生理狀態，促使其死亡，所以培養基的pH越低，所需的滅菌時間也越短。
③培養基成分的影響：培養基中所含一定濃度的糖類、油脂及蛋白質，會增加微生物的耐熱性。高濃度的有機物增加培養基的粘度，影響熱的傳入，應提高滅菌溫度。而高濃度的鹽類增加滲透壓，可以促進熱的傳導，降低微生物的耐熱性，故易于滅菌。④培養基中顆粒的影響：特別是顆粒大和結塊的傳熱效果差，滅菌就較困難，所以滅菌前必須充分攪拌。有時需提高滅菌溫度，延長滅菌時間來達到滅菌的要求。⑤泡沫的問題：培養基在滅菌時產生泡沫對對滅菌效果有很大的影響，因為泡沫中的空氣形成隔熱層，空氣的導熱差，包裹在泡沫中的微生物就不容易被殺死（達不到受熱溫度）。因此，滅菌操作中要注意泡沫的產生，如果不要時，可以再發酵的過程添加發酵消泡劑，起到消泡的作用，還要防止壓力驟降而起泡。本文參考《發酵微生物學》一書。