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由于微生物種類多，其營養類型比較復雜，可以從幾個方面對其進行劃分：如從碳源利用方面劃分，可分為自養型和異養型，其中自養微生物是以二氧化碳為或主要碳源的，是不依賴任何有機營養物即可生長的微生物。而異養微生物是至少需要提供一種大量有機物才能滿足正常營養要求的微生物，即碳源必須是有機物，氫供體是有機物，能源則可由利用氧化有機物或吸收日光能獲得。按照能量來源不同，可分為光能營養型和化能營養型，分別以利用光和有機物釋放的化學能為能源。按照電子供體性質不同，可分為無機營養型和有機營養型，分別以還原性無機物和有機物為電子供體。綜合起來，可將絕大部分微生物分為光能無機肉養型，光能有機異養型、化能無機自養型、化能有機異養型四種類型。其中化能有機異養型微生物占絕大多效，也是發酵下業生產的主力軍。某些菌株發生突變（自然突變或人工誘變）后，失去合成某種（或某些）對該菌株生長必不可少的物質（通常是生長因子如氨基酸、維生素）的能力，必須從外界環境獲得該物質才能生長繁殖。這種突變型菌株稱為營養缺陷型，相應的野生型菌株稱為原養型。在工業生產中應用營養缺陷型菌株進行生產的典型例子是氨基酸發酵。無論哪種分類方式，不同營養類型之間的界限并非絕對。異養型微生物并非絕對不能利用二氧化碳，只是不能以二氧化碳為或主要碳源進行生長，而且在有機物存在的情況下也可將二氧化碳同化為細胞物質。同樣，自養型微生物也并非不能利用有機物進行生長。另外，有些微生物在不同的生長條件下生長時，其營養類型也會發生改變。例如紫色非硫細菌在無有機物時可以同化C02，為自養型微生物，而當有機物存在時，又可以利用有機物進行生長，此時為異養型微生物；在光照和厭氧條件下可利用光能生長，為光能營養型微生物，而在黑暗與好氡條件下，依靠有機物氧化產生的化學能生長，則為化能營養型微生物。本文參考《發酵工程原理及技術》一書。