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發酵過程的污水排放在發酵工業生產過程中存在許多問題，廢水排放問題是眾多廠家最主要的問題之一，其次是發酵過程中出現泡沫。發酵工廠排放的廢水、廢渣，雖然不含鉻、汞、鉛等重金屬和其他有毒物質，屬于高濃度有機廢水，但這些廢水經微生物作用后，會產生難聞氣味，堵塞河道，秧及魚蝦。這樣不僅嚴重污染了環境，而且浪費了很多資源，提高了生產成本。污染問題已經成為發酵產業發展的一大障礙，因此，污染治理與環境保護對發酵工業的發展提出了新的要求，以適應其發展。一般發酵廢渣水處理包括濃縮與干燥，利用生產或厭氧好氧處理等方法。但是減少污染排放的有效措施首先是需要將原料的組分預先分離，其次是發酵廢渣水在綜合利用后，出現新問題——廢水的化學需氧量較高，這樣就必須進一步處理才能達到排放的標準。發酵過程中染菌的防治在發酵過程中生產的菌被其他微生物侵入了發酵系統，從而造成發酵過程失去真正意義上的純種培養這就是發酵染菌。目前，發酵染菌在發酵行業越來越嚴重。因此，解決發酵染菌就顯得尤為重要。染菌的形式主要有以下幾點：種子培養期染菌：最容易染菌的時間是種子培養期。因為種子培養期微生物菌體濃度低，而且培養基地的營養液十分豐富，所以，比較容易染菌。種子培養主要是使微生物細胞生長與繁殖。如果將污染的種子帶入發酵罐，那么危害將會極大，所以，嚴格控制種子染菌的發生是至關重要的。假如一旦發現種子受到雜菌的污染，首先必須立即滅菌后棄去，其次，還要對種子罐、管道等進行仔細檢查和滅菌，只有這樣才能保證種子培養期的安全。發酵前期染菌：容易染菌的另一個時期是在發酵前期。發酵前期微生物菌體主要是處于生長、繁殖階段，并且這個時期的代謝產物較少，因此，這個時期也容易染菌。這個時期在染菌后，雜菌將迅速繁殖，會與生產菌爭奪培養基中的營養物質，造成的后果就是嚴重干擾生產菌的正常生長、繁殖及產物的生成。發酵中期染菌：發酵中期的染菌主要有兩種形式：一是染菌后雜菌大量繁殖，產生酸性物質，使pH值下降，糖、氮等的消耗加速；二是菌體自溶，致使發酵液發粘，產生大量的泡沫，這就需要用到發酵消泡劑，否則代謝產物的積累就會減少或停止；三是染菌后會使已生成的產物被利用或破壞。發酵中期染菌導致培養基中的營養物質大量消耗，降低生產菌的營養，嚴重干擾生產菌的代謝，影響產物的生成。就目前的情況來說，發酵中期染菌通常較難挽救，而且危害性較大，因此，在生產過程中應盡力做到早發現、快處理。發酵后期染菌：對發酵產物來說，發酵后期染菌對不同的產物的影響也是不同的，如果是肌苷酸、谷氨酸等發酵，后期染菌也會影響產物的產量、提取以及產品的質量；而如果是抗生素、檸檬酸的發酵，則染菌對產物的影響不大。發酵后期培養基中的糖等營養物質已接近耗盡，并且發酵的產物也積累較多，如果這時染菌量不太多，那么對發酵的影響相對來說要小一些，可以繼續進行發酵。